Peristiwa ini lalu dikaitkan dengan cerita datangnya Ratu Kidul menemui Panembahan Senopati saat melakukan tapa ngeli tersebut dan singkat cerita terciptalah "perjanjian" antara keraton Mataram Islam dengan penguasa pantai Selatan yang kemudian berlaku turun temurun.
Legenda Pogung sebuah kampung yang dibangun di kota Jogja oleh Ki Dalang menguatkan kisah Tsunami Jogja ini di awal abad ke 16. Putri Campa yang dikejar rakyat akibat dituduh sebagai penyebab kematian Raja yang berkuasa di muara kali Kulon Progo melarikan diri ke pantai selatan, dan akhirnya digulung ombak sangat besar yang sekaligus menghancurkan kerajaan Mitologi tersebut sebelum lahir Mataram Islam. Kisah bencana ini kembali dikuatkan karena berkorelasi dengan aktifitas Gunung Merapi tahun 1584 M yang meletus dengan skala VEI 4 (Newhall, 1998)
"Nir buta iku bumi kala wong Pajang kendhih lungo tilar nagara Adipatinipun angungsi ing Giri Liman, ing Mataram angalih mring Karta singgih nir tasik buta tunggal"
Ketika ’lenyap, berubah menjadi laut buminya’, orang-orang Pajang dikalahkan, mereka meninggalkan tanahnya. Adipati mereka mengungsi ke Giri Liman. Di Mataram, mereka berpindah ke Karta, memang, Ketika ’menghilang, semua kembali ke laut’ (Maret 1618 - Februari 1619)
Lalu adakah temuan ilmiah yg menguatkan cerita Tsunami pada masa lalu tersebut? Peneliti “paleotsunami” (tsunami purba) tentu penasaran pada legenda tersebut. Mitologi sebenrnya dapat menceritakan peristiwa tsunami masa lalu. Kisah-kisah dongeng dan mitos sering kali menyimpan informasi tentang suatu peristiwa alam dimasa lalu. Apa yang kita lihat di masa sekarang dan di masa lampau mungkin sama, tapi karena kepercayaan dan budayanya membuat cara penyampaiannya berbeda.
Terlepas dari kepercayaan sebagai tanda kemunculan Ratu Pantai Selatan tersebut, itulah cerita sesungguhnya tentang Tsunami. Cerita-cerita ini oleh ilmuan dijadikan dasar Geo-Mitologi yang bisa menjadi alternatif untuk melacak keberadaan tsunami pada masa lalu. Metode ini dapat menjadi pelengkap Metode ilmiah dengan penggalian deposit tsunami masa lalu yang dikenal dengan paleotsunami. Jejak peristiwa diatas ditemukan oleh Eko Yulianto, ahli paleotsunami LIPI. Lewat penelitian deposit tsunami di pantai selatan Jawa ditemukan endapan cukup tebal, yang menunjukkan skala tsunami yang sangat besar. Setelah dilakukan penanggalan, lapisan itu diduga akibat tsunami yang terjadi sekitar tahun 1600an atau abad ke-17.
Menurut Sejarawan Anthony Reid dari Australian National University (yang dilansir Kompas) dalam Historical Evidence for Major Tsunamis in the Java Subduction Zone (2012) kalimat dalam Babad ini mirip dengan kejadian hempasan gelombang laut ke daratan, saat terjadinya Tsunami. Babad Ing Sangkala menguatkan kemungkinan terjadinya Tsunami besar pada tahun 1618 yang melanda pantai selatan Jogja dan Jawa Tengah (Mataram) dimana tempat ini menjadi pusat perkembangan mitologi Ratu Kidul.